[세종=뉴스핌] 이정아 김기랑 기자 = 정부가 올해 말 일몰이 도래하는 '중소기업 취업자 소득세 감면' 제도에 대한 심층 평가에 착수하면서 연장 여부를 둘러싼 논의가 본격화하고 있다.

청년층과 지방 제조업 인력난 완화를 위해 도입된 대표적인 고용 지원 세제지만, 재정당국이 올해부터 '관행적 일몰 연장 탈피'를 공식화하면서 감면 축소·재설계 가능성까지 거론된다.

16일 재정경제부의 '2026년 조세지출 기본계획'에 따르면, 정부는 올해 말 일몰이 도래하는 중소기업 취업자 소득세 감면 제도를 의무 심층 평가 대상으로 선정하고 정책 효과와 재정 영향 등을 종합 검토할 계획이다.

중소기업 취업자 소득세 감면은 청년·고령자·경력단절여성·장애인 등이 중소기업에 취업할 경우 일정 기간 근로소득세를 감면해 주는 제도다. 중소기업에 취업한 청년은 5년간 근로소득세의 90%를, 고령자와 경력단절여성 등은 3년간 70%를 감면받을 수 있다. 연간 감면 한도는 최대 200만원이다.

◆ 감면액 1조2260억원 전망…상위 20개 조세지출에 포함

해당 제도는 정부 조세지출 규모가 빠르게 커지는 가운데서도 대표적인 민생·고용 지원 세제로 자리 잡고 있다.

재정경제부 조세지출 예산서에 따르면 중소기업 취업자 소득세 감면 규모는 지난 2024년 1조1384억원에서 2025년 1조1638억원, 올해에는 1조2260억원까지 확대될 전망이다. 전체 조세지출 상위 20개 항목 가운데 19위 수준이다.

전체 국세 감면액 역시 올해 76조5000억원에서 내년 80조5000억원으로 증가할 전망이다. 정부는 국세 감면율이 16.1% 수준까지 오를 것으로 보고 있다.

특히 상위 20개 조세지출 항목 비중이 전체 감면액의 76.9%를 차지할 정도로 특정 세제지원에 감면이 집중되는 구조다. 보험료 특별 소득공제·연금보험료 공제·근로장려금(EITC) 등과 함께 중소기업 취업자 감면 역시 대표적인 고정 조세지출로 분류된다.

정부 안팎에서는 이처럼 감면 규모가 구조적으로 확대되는 상황에서 장기간 반복 연장된 조세특례에 대한 재점검이 불가피하다는 분위기가 나온다.

◆ "중소기업 채용 숨통" vs "사실상 상시 감면 구조"

중소기업계는 제도 종료 시 채용 위축과 청년층 실질임금 감소가 불가피하다고 우려한다.

특히 지방 산업단지와 제조업 현장을 중심으로 청년층 인력 부족 현상이 심화하는 상황에서, 해당 제도가 사실상 임금 보전 역할을 하고 있다는 평가가 적지 않다.

한 중소기업계 관계자는 "중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 제도는 근로자, 특히 청년 재직자의 만족도가 큰 제도"라며 "대기업 대비 임금 수준이 낮은 중소기업 현실을 고려하면 감면 종료 시 채용 경쟁력이 더 약해질 수 있다"고 토로했다.

실제 청년 근로자의 경우 감면 적용 여부에 따라 연간 수십만원에서 최대 200만원 수준까지 세 부담 차이가 발생할 수 있다.

반면 조세 당국 안팎에서는 해당 제도가 반복 연장되며 사실상 상시 감면처럼 운영되고 있다는 지적도 나온다. 정책 효과에 견줘 감면 유지 관성이 지나치게 커졌다는 것이다.

정부는 올해 조세지출 기본계획에서 불요불급한 조세지출 폐지와 조세지출 전수조사 및 원점 재검토를 공식 운영 방향으로 제시했다.

특히 일몰 1회 연장 후 재도래 시 제도 폐지 원칙을 새롭게 도입하며 자동 연장 관행에 제동을 걸겠다는 방침도 밝혔다.

◆ "감면 기간 연장하거나 더 확대하는 방향 필요" 조언

정부는 올해부터 기존 감면 제도를 연장할 때도 세수 보완 대책 제출을 의무화했다. 기존에는 신규 감면 요청에만 적용됐지만 앞으로는 기존 특례 연장에도 재원 조달 방안을 함께 제출해야 한다.

이에 따라 단순 연장보다는 감면율 조정이나 지원 대상 축소, 적용 기간 변경 등 제도 재설계 가능성이 거론된다.

다만 중소기업 취업자 소득세 감면 제도의 효과성을 따져본다면, 제도 축소보다는 제도 확대를 검토해야 한다는 의견이 제시된다.

유호림 강남대 세무전문대학원 주임교수는 "중소기업 취업자 소득세 감면 제도는 공급자 중심의 조세정책이다. 이와 더불어 같이 가야 하는 방향은 근로소득자 전반에 대한 조세 부담을 경감해 주는 것"이라고 밝혔다.

이어 "근로소득세 감면 또는 공제는 그대로 두되 과세점 자체를 올리는 방안을 고려해 볼 필요가 있다"며 "특히 청년 세대 또는 중위 소득자 이하의 경우 과세점을 인상해 가처분 소득이 늘어나는 효과를 줄 수 있다"고 설명했다.

올해 조세특례에 대한 심층 평가 결과는 하반기 세법 개정안에 반영될 예정이다. 청년 고용 지원과 재정건전성 사이에서 정부가 어떤 선택을 내릴지 관심이 쏠린다.

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